En 1936, durante la Segunda República, ‘Andaluces’ fue incautada por el Estado debido a sus problemas económicos, y asignada la gestión de sus infraestructuras a la Compañía Nacional de los Ferrocarriles del Oeste. Esta situación no duró mucho, ya que en 1941, con la nacionalización de todos los ferrocarriles de ancho ibérico, la estación pasó a manos de RENFE. Bajo su gestión se sustituyó paulatinamente la tracción vapor por máquinas diésel y eléctricas.
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| Estación de Málaga en 2003. |
Desde 1975, tras la inauguración de la línea Málaga-Fuengirola, la estación dispuso de servicios de cercanías que la unían con Fuengirola y otras localidades.
Siguiendo la estela del Primer Plan de Modernización de Estaciones emprendido por RENFE entre 1986 y 1990, las instalaciones de Málaga fueron sometidas a un remozamiento general durante el año 1989. El andén principal fue reformado para que ejerciera como patio de viajeros, al tiempo que se creó un jardín artificial junto a la entrada.
De cara a la construcción de la línea de alta velocidad Córdoba-Málaga, tras el año 2000 se procedió a acondicionar Málaga para la llegada de la nueva línea férrea y construir una nueva estación de ferrocarril. A partir de 2003 comenzaron las obras, siendo inaugurada en noviembre de 2006 la nueva estación de María Zambrano. Como consecuencia de los trabajos emprendidos, buena parte del antiguo recinto ferroviario fue derruido o modificado, con excepción de algunas partes que sí fueron conservadas.
La estación de Málaga constituía un amplio complejo ferroviario, en el que existían un gran número de instalaciones. Además del monumental edificio de viajeros, había un depósito de locomotoras, talleres, depósitos de agua, oficinas de administración, muelles de mercancías, playa de vías, entre otras. Las instalaciones técnicas se encontraban situadas a un lado de las vías, al norte, mientras que los muelles de carga y las instalaciones de mercancías se encontraban al otro lado, al sur de la estación.
Históricamente, en Málaga se situaba el depósito titular de locomotoras de la línea Córdoba-Málaga, del cual dependían las reservas de locomotoras de Bobadilla y La Roda. Dicho depósito contaba con una rotonda giratoria de 18 metros de diámetro y con unas amplias cocheras, con 19 vías bajo cubierta, una vía al descubierto y dos vías de acceso. Estas instalaciones se completaban con unos talleres para la reparación de locomotoras, situados junto a las cocheras y con dos vías de acceso.
La estación de Málaga era de carácter terminal, construida en fondo de saco. Entre las vías y andenes se hallaban dos pabellones de doble piso que albergaban oficinas, despacho de billetes, salas de espera, entre otros servicios. La playa de vías se encontraba cubierta por una marquesina metálica, que también presidía la fachada, que había sido levantada en 1863 por el ingeniero Antonio Arriate. Tras el derribo de la estación, en la actualidad solo se conservan los citados pabellones, que están protegidos como Bienes de Interés Cultural (BIC).
La retirada de la histórica marquesina, en octubre de 2003, generó una larga polémica ante la oposición de diversas entidades. La Junta de Andalucía la inscribió en el Catálogo del Patrimonio Histórico Andaluz en 2005, si bien para aquella fecha ya había sido retirada. Coincidiendo con la celebración del 150 aniversario de la llegada del ferrocarril a Málaga, en 2015, la comisión de Urbanismo del Ayuntamiento de Málaga aprobó su restauración y recuperación para ubicarla en un lugar cercano a donde se encontraba. Sin embargo, el Ayuntamiento más tarde declaró no tener espacio para ello.
